ภาคนี้เนื้อหาหลักๆเป็นการต่อสู้ของฝ่ายนารูโตะกับฝ่ายนินจาท้องฟ้าค่ะ(โดยมีเกะพ่วงมาด้วย)

ณ รังของโอโรจิมารุ เริ่มต้นมาก็แฟนเซอร์วิสเลย เกะโชว์เปลือยครึ่งท่อน (แม่ยกเกะคงกรี๊ดกันน่าดู)

หลังจากนั้นก็เป็นฉากกองเรือของฝ่านนินจาท้องฟ้ากำลังเตรียมการบุกหมู่บ้านโคโนฮะทางอากาศ นินจาท้องฟ้านั้นเคยถูกหมู่บ้านโคโนฮะทำลายสมัยสงครามครั้งใหญ่เมื่อหลายปีก่อน แต่ยังมีบางส่วนหลงเหลือรอดอยู่ จึงกลับมาล้างแค้น

ฉากนี้มันคุ้นๆ เหมือนเพิร์ล ฮาร์เบอร์มั๊ยคุณว่า (ฉากออกตัว,ส่งซิกการทางอากาศ,บินผ่านภูเขา,เด็กๆแหงนมองท้องฟ้า,ผ้าที่ตากบนราวปลิวว่อน) เราดูแล้วขำกลิ้ง เรียกว่าได้แรงบันดาลใจมาได้มั๊ยเนี่ย นี่แค๊ปมาให้ดูภาพต่อภาพเลย

และแล้วฝ่ายทหารญี่ปุ่นก็เริ่มเปิดฉากถล่มเพิร์ลฮาร์เบอร์ทางอากาศโดยการทิ้งระเบิด เอ๊ยนินจาท้องฟ้าถล่มโคโนฮะ

ผู้คนหนีตายอลหม่าน ซึนาเดะรีบสั่งการให้เข้าสู่สภาวะฉุกเฉินระดับ 3 นินจาโคโนฮะเริ่มทำการตอบโต้บ้างแต่ก็ไร้ผล(เพราะคู่ต่อสู้อยู่บนอากาศ อาวุธครบมือ ว่าแต่...เรื่องนี้มันมีระเบิดน่ะเข้าใจ แต่มันดันมีปืนด้วยนี่สิ งง) พวกเนจิและคนอื่นๆช่วยเหลือผู้คนหลบระเบิด+กระสุนปืน

นารูโตะซึ่งตกใจกับความอลหม่าน ได้พบกับชายลึกลับคนหนึ่งซึ่งช่วยปฐมพยาบาลผู้คนที่บาดเจ็บ และให้นารูโตะนำคนเหล่านั้นไปส่งโรงพยาบาล ระหว่างนั้นพวกนินจาท้องฟ้าได้ใช้จักระที่ใช้ในการควบคุมการบินจนเกือบหมด จึงได้ล่าถอยไป

ที่โรงพยาบาลซากุระและฮินาตะที่เข้ามาดูคนไข้ก็ประหลาดใจกับความสามารถในการรักษาเบื้องต้นของชายลึกลับที่นารูโตะได้พบ แล้วจู่ๆก็มีชาย(?)ลึกลับเข้ามาในโรงพยาบาล ผู้ซึ่งทราบทีหลังว่าชื่ออามารุ ถามหาผู้เป็นอาจารย์ชื่อชินโน ซึ่งคาดว่าน่าจะเป็นชายลึกลับที่นารูโตะได้พบ  นารูโตะจึงไปตามชินโนมา อามารุนั้นมาที่โคโนฮะเพื่อที่จะตามชินโนกลับไปช่วยเหลือหมู่บ้านซึ่งกำลังถูกโจมตี ซึนาเดะจึงจัดทีมฉุกเฉิน 3 คน ประกอบด้วยซากุระ ฮินาตะ และนารูโตะเพื่อไปช่วยเหลือ

อีกด้าน ที่กองเรือของนินจาท้องฟ้า ทีม 4 คน ที่ประกอบด้วยชิกามารุ ซาอิ คาคาชิ และชิโนะ ก็ได้เริ่มแผนทำลายกองเรือของฝ่ายนินจาท้องฟ้า

ที่รังของโอโรจิมารุ ซาสึเกะได้รับคำสั่งให้ไปนำตัวชายผู้รู้เคล็ดวิชาย้ายร่างโดยสมบูรณ์แบบมา เนื่องจากโอโรจิมารุกำลังป่วยหนักเพราะร่างที่ใช้กำลังใกล้หมดอายุขัย

ทางด้านพวกนารูโตะ ต้องเดินทางผ่านแม่น้ำท่ามกลางป่าดงดิบเพื่อไปยังหมู่บ้านของอามารุ ระหว่างนั้นนินจาท้องฟ้าบินมาตรวจการณ์ นารูโตะและอามารุจึงลงไปหลบใต้น้ำ ทำให้นารูโตะสังเกตออกว่าอามารุนั้นจริงๆแล้วเป็นผู้หญิง แต่แล้วนารูโตะก็โดนปลามีพิษกัดเข้า อามารุจึงทำการรักษาโดยดูดแผลให้ (ฉากหื่นๆอีกละ โตะหน้าแดงเลย  >////<)

ทั้งสี่คนเดินทางมาถึงหมู่บ้าน ก็พบว่าถูกเผาจนวอดวาย แต่กลับไม่พบใครเลย อามารุผู้ตื่นตระหนก รีบวิ่งพร้อมตะโกนเรียกหาคนในหมู่บ้าน โดยที่ไม่รู้ว่ามีกับดักซ่อนอยู่ ชินโนเอาตัวเข้ารับมีดจำนวนมากที่พุ่งมาจากกับดักแทนอามารุจนตัวตาย

เมื่อฝังชินโนแล้ว พวกนารูโตะจึงแยกย้ายกันออกตามหาคนในหมู่บ้านที่เหลือ นารูโตะและซากุระพบกับซากปรักหักพังเก่าแก่ลึกลับ พร้อมกับอามารุซึ่งถูกปีศาจซึ่งกินพลังงานด้านมืดของมนุษย์"เรย์บิ"เข้าสิง เรย์บินั้นเห็นความมืดในตัวนารูโตะ จึงโจมตีและพยายามทำให้นารูโตะกลายร่างเป็น 9 หาง จนนารูโตะหางงอกออกมาถึงสามหาง แต่แล้วก็กลับคืนสภาพเดิมได้ด้วยยันต์ที่จิไรยะให้มาพกไว้ นารูโตะเรียกสติของอามารุคืนจนพ้นจากการถูกสิง

นารูโตะและอามารุวิ่งเข้าไปตามหาชาวบ้านที่เหลือภายในซากปรักหักพัง แล้วจู่ๆซากนั้นก็ลอยบินขึ้นบนท้องฟ้า ซึ่งที่จริงแล้วซากปรักหักพังนี้เป็นฐานลับของนินจาท้องฟ้า

ระหว่างนั้นเองกองเรือของนินจาท้องฟ้าที่พวกชิการมารุเข้าโจมตี ก็โดนแมลงกินเหล็กของชิกามารุทำลายจนสิ้นซาก

ที่ป้อมบินลอยฟ้านั้นเอง อามารุและนารูโตะก็ได้พบกับชินโนผู้ซึ่งยังมีชีวิตอยู่ ชินโนเปิดเผยว่าตนเองเป็นหัวหน้าของนินจาท้องฟ้า และปลอมตัวเป็นหมอ เดินทางไปตามหมู่บ้านต่างๆเพื่อตามหาคัมภีร์ที่จะคืนชีพให้เรย์บิ และนำพลังงานด้านมืดมาเป็นของตน เขาได้หลอกใช้อามารุมาตลอด

นารูโตะเจ็บปวดแทนอามารุซึ่งปวดร้าวจนกรีดร้องออกมา เขาปะทะกับชินโน ผู้ซึ่งกลายสภาพไปด้วยพลังความมืด นารูโตะบอกให้อามารุยอมบอกความรู้สึกที่แท้จริงของตนกับชินโน

ขณะที่กำลังจะเข้าไปจัดการขั้นสุดท้ายกับชินโน นารูโตะก็ถูกขัดขวางโดยซาสึเกะ ผู้ซึ่งจู่ๆก็ปรากฏตัวขึ้น ซาสึเกะใช้พลังทำให้ชินโนหมดสภาพ แล้วจึงบอกความประสงค์ของตนเองให้ฟัง ชินโนไม่ยอมทำตาม แต่ได้มอบคัมภีร์ความลับให้แทน แล้วจึงหนีไป

ซาสึเกะรีบตามชินโนไปพร้อมๆกับนารูโตะ(มันคงวิ่งตามเกะมากกว่า) จนไปพบห้องซึ่งมีชินโนและรังไหมของเรย์บิ ชินโนรวมร่างเข้ากับเรย์บิ และเข้าจู่โจมทั้งสองคน ทั้งสองคนพยายามสู้แต่ไม่เป็นผลเพราะเรย์บิดูดซับจักระได้ นารูโตะจึงปลดปล่อยพลังจักระออกมามากจนเรย์บิรับไม่ไหว และได้ใช้กระสุนวงจักรจัดการเรย์บิสำเร็จ(ด้วยความช่วยเหลือของซาสึเกะ)

นารูโตะวิ่งตามซาสึเกะไปจนได้พบกับอามารุ ฮินาตะและชาวบ้านที่โดนจับมา นารูโตะจึงให้ทุกคนขึ้นเครื่องร่อนเพื่อหนีไปจากป้อมที่กำลังจะตกลงพื้น พร้อมๆกับ(บังคับ)ให้ซาสึเกะร่อนลงไปด้วย โดยก่อนซาสึเกะจะลงไปนารูโตะกระซิบบอกอะไรบางอย่างกับซาสึเกะ ขณะที่กำลังจะเตรียมตัวตายไปพร้อมกับป้อมบินอยู่นั้นเอง นารูโตะก็นึกถึงคำพูดของจิไรยะ ทำให้คิดได้ว่าตนเองนั้นเป็นคนไม่ยอมแพ้จนถึงที่สุด จึงได้แยกเงาพันร่างถล่มปราสาทจนพังเป็นชิ้นๆและตกลงมา อามารุซึ่งเห็นนารุโตะกำลังตกลงสู่พื้น จึงกระโดดเข้ารับและตกลงไปด้วยกัน แต่ก็ได้กามะบุนตะซึ่งจิไรยะเรียกออกมาพองตัวรับไว้ได้

ด้านซาสึเกะซึ่งนำคัมภีร์กลับไปให้โอโรจิมารุ โอโรจิมารุได้ถามว่าซาสึเกะไปพบกับอะไรดีๆมารึ ซาสึเกะได้นึกถึง(เรื่องดีๆที่ว่า)นารูโตะได้กระซิบบอกตนไว้ว่า"ไม่ว่ายังไงชั้นก็จะพาตัวนายกลับมาที่โคโนฮะให้ได้"  จบจ้า สรุปภาคนี้โตะเจ้าชู้ใส่ทั้งหญิงและชาย เลยได้ใจมาถ้วนหน้า